Hellboy aparece em público sem querer e o FBI tem que explicar publicamente sobre o Escritório de Pesquisa e Defesa Paranormais. Enquanto o herói aprende a lidar com sua nova vida, Liz tem seus sentimentos por ele abalados quando Johannse junta ao grupo,um detetive formado de energia. Paralelamente a esse triângulo amoroso, Hellboy e seus companheiros precisam enfrentar o Príncipe, que deseja retomar o controle do Exército Dourado.